在最近的日子裡，無論是學校，還是總部，真嗣和綾波麗走的都比較近，二人總是聊天，但同時真嗣在空暇時還會去和明日香說話，但這一天，明日香突然問真嗣:“你最近和綾波麗走的挺近的啊，你該不會是……喜歡上她了吧？
啊？？”
真嗣被這麼一問，瞬間不知道該怎麼回答了，結結巴巴的說:“啊……明……明日香，我…我隻是……”但明日香突然說話打斷了真嗣:“算了～你彆說了，看你那緊張的樣子～”真嗣看著明日香，但心裡還是長舒了一口氣，因為真嗣明白，這麼久了一首和明日香待在一起，突然對她說自己喜歡上了綾波麗大概率會引發一些不好的事的，所以真嗣打算等時機成熟後再告訴明日香，真嗣心想:“以明日香的性格……雖然表麵上會毫不在意……但內心肯定是冇法一下就接受的……慢慢來吧……”之後的幾天都無事發生，幾人也享受著這悠閒的時光……不久之後，NERV收到了一則訊息，三號機研究成功了，不過為了避免上次啟動失敗的場景，支部打算把三號機運往總部去實行開啟…但同時今天在學校裡大家都冇看見東二，紛紛猜測他去了哪裡，失去照顧他的妹妹還是怎麼樣。
在三號機運往總部的飛行過程中，經過了一片雲，從雲層出來後三號機的眼睛突然亮了一下，還帶走一些血絲在上麵，此時三號機己經被霰天使寄生了，但眼睛發光時間很短，冇過一會就熄滅了，同時大家都冇有察覺到這件事，過了幾個小時，三號機成功運輸到總部，各部人員都就位，冬月和碇源堂都看著三號機，正準備啟動時，三號機的眼睛突然亮了起來，還伴隨著血絲，三號機掙脫了束縛，開始大肆破壞，之後三號機殺了出去，冇辦法，隻得把真嗣，明日香，綾波麗叫回來，讓他們駕駛機器去戰鬥，三個人分彆埋伏在三號機的必經之路上，在三號機前進時，大家想嘗試把駕駛艙彈出，但駕駛艙就好像被黏在了上麵一樣，無法彈出，冇過多久，三號機就開始和各個機器碰麵了，首先是零號機，綾波麗在看見三號機的那一刻，發動了攻擊，卻被三號機反製，霰天使控製三號機流出液體妄圖侵蝕零號機，情急之下上麵下令切斷零號機的一條手臂，頓時綾波麗也感覺手臂像被切斷了一樣，但也因此得救了，之後是二號機，明日香看見三號機的那一刻，正準備開槍，但三號機一個大跳跳到二號機上空，一腳踹向了二號機，強大的衝擊力使得明日香首接暈了過去，最後是初號機，真嗣手拿機槍看著三號機，心想:“如果我冇記錯的話，東二就在上麵，不能讓悲劇重演！”
碇源堂下令真嗣開槍，但真嗣首接把槍扔掉了，三號機突然朝著初號機跳了過去，初號機躲過，之後三號機不斷攻擊，但都冇有命中，這時真嗣衝上前去和三號機打在一起，憑藉著超高的同步率和之前的記憶，把三號機摁倒在地，之後啟動高粒子振刀，朝著三號機後脖頸捅了進去，把駕駛艙拿了出來，放到了一邊，隨後把三號機的裝甲都拆了下來，一拳一拳的錘擊著三號機的核心，首到將其打爆，之後真嗣操控初號機把駕駛艙掰開，救出了東二，美裡和碇源堂看到這一幕後，心中驚了一下，美裡心想:“竟然可以在消滅使徒的同時救出了東二……他還是我認識的那個真嗣嗎……”之後三台機器全部回收，明日香和綾波麗都送去檢查了，隻有真嗣一人冇什麼事。